根据以上职能调整，保税区（出口加工区）分局的主要职责是： 

（一） 组织实施国家工商行政管理的法律、法规和方针政策；制订本辖区工商行政管理的政策，并组织实施。 
（二） 依法组织管理各类企业和从事经营活动的单位、个人注册，核定注册单位名称，审定、批准、颁发有关证照并实行监督管理。 
（三） 依法组织监督市场竞争行为，查处垄断、不正当竞争、走私贩私、传销和变相传销等经济违法违章行为。
（四） 依法组织监督市场交易行为，监督流通领域商品质量，组织查处假冒伪劣等违法行为；受理和处理12315消费者举报投诉，保护经营者、消费者合法权益。
（五） 依法对各类市场经营秩序实施规范管理和监督。 
（六） 依法组织监督经纪人、经纪机构和展销会。 
（七） 依法实施合同行政监管，负责合同争议行政调解，企业动产抵押物登记和管理，监管拍卖行为，查处合同欺诈等违法行为。
（八） 依法监督管理注册商标、商标印制行为，查处注册商标假冒侵权行为；保护注册商标专用权；组织推荐驰名商标、著名商标。
（九） 依法对各类广告进行审批、监督管理，查处广告违法行为。 （十） 依法监管各类企业、个体工商户的经营行为。

（十一） 领导和管理所属工商行政管理所和各项工商行政管理工作，指导相关的各类协会的工作。

（十二） 承办当地人民政府和上级工商行政管理局交办的其他事项。